Si bien los mayas utilizaban su entorno de una manera equilibrada, con el paso de los siglos, durante la Conquista y la Colonia, se conservó parcialmente en los pueblos indígenas la tradición del conocimiento de la naturaleza, el cual fue transmitido oralmente de generación en generación. Este conocimiento fue enriquecido por nuevas tradiciones en herbolaria traídas por europeos y esclavos africanos. La introducción del ganado también se acompañó de nuevas formas de uso del suelo impuestas por los colonizadores. Los españoles también introdujeron sus frutales, hortalizas y hierbas medicinales que contribuyeron a enriquecer la disponibilidad de germoplasma en la región. El conocimiento botánico durante todo este periodo fue muy fragmentado. Ya en la época Independiente, europeos y estadounidenses realizaron las primeras exploraciones botánicas en la Península de Yucatán.
Los botánicos calculan que la flora de la península maya estaba formada por cerca de 2500 especies de plantas.
De éstas, se calcula que un 30% tiene o ha tenido alguna utilidad para los mayas y se ha comprobado que más de 250 especies de plantas fueron usadas para algún uso medicinal. Otro porcentaje elevado de especies se usaron como alimento, para construcción, como leña, melíferas, curtientes, tintóreas, para extracción de fibras, condimentos, en la elaboración de utensilios y artesanías.