Como el bonsái se desarrolla en un espacio muy reducido y absorbe los nutrientes del suelo, hace falta fertilizar el sustrato a menudo; como en tantas otras tareas, la frecuencia del abonado depende del tipo de bonsái. La mayoría requiere abono mensual desde el inicio de la primavera y hasta el verano. En cualquier caso, casi siempre es mejor no fertilizar en verano o en invierno. En particular, los bonsáis de hoja caduca hay que abonarlos tras la aparición de los nuevos brotes, y os de hoja perenne, dos veces al mes. Los de flores y frutos se tienen que abonar antes de que estos se marchiten.
Es imprescindible usar abonos especiales para bonsáis, que se encontraran en las tiendas especializadas en plantas especiales, en polvo, en bolitas o en líquido, para mezclar con el agua de riego.
Por norma general son ricos en nitrógeno, fósforo y potasio, componentes que son necesarios para el bonsái para desarrollarse con vigor. El nitrógeno acelera el crecimiento de la planta, de sus hojas, frutos etc. Y tanto el potasio como el fósforo fortalecen el bonsái ante condiciones adversas y enfermedades